Por muitas centenas de anos, os habitantes de Kamigawa adoraram pacificamente os espíritos de seu mundo. Até que um dia, seus deuses atacaram e mergulharam o plano em uma guerra brutal.
Com uma atmosfera que lembra o Japão da era sengoku, esse plano contém dois mundos simbióticos: o utsushiyo, ou reino material, e o kakuriyo ou reino espiritual dos kami. Cada kami era uma divindade e o caminho da felicidade era honrar esses deuses e viver conforme seus princípios. Os habitantes de Kamigawa estavam satisfeitos com esta vida de devoção. Então, o inimaginável aconteceu. Os deuses se voltaram contra eles.
Lentamente a princípio, os kami começaram a ganhar forma no mundo material. Alguns estudiosos acreditavam que eles estavam mandando uma mensagem ou aviso. Mas suas aparições eram tão estranhas e surreais que nenhum significado verdadeiro podia ser identificado.
Enquanto isso, o senhor da guerra mais poderoso do plano, o daimyo Takeshi Konda, governava as Planícies de Towabara de sua fortaleza, em Eiganjo. Enquanto os exércitos e samurais de Konda englobavam mais territórios em seu nome, mais kamis se manifestavam no mundo material.
Mas uma noite mudou a história de Kamigawa para sempre. A algumas milhas de distância do Castelo Eiganjo , os kamis invadiram a cidade de Reito. Dezenas de monstros do mundo espiritual varreram a cidade, matando quase tudo que havia de vivo no local. Centenas foram mortos e poucos sobreviveram. A Guerra dos Kamis havia começado. Durante os vinte anos seguintes, espíritos de todas as formas e tamanhos se manifestaram no plano, destruindo tudo que encontrassem pela frente.
Durante este cerco, Konda permaneceu dentro de sua fortaleza, misteriosamente protegido do perigo.
O povo de Kamigawa questionava o motivo da traição dos kamis, mesmo enquanto lutava para sobreviver. O que haviam feito de errado?
Na verdade, a guerra foi iniciada pelo orgulhoso daimyo Konda. Com a ajuda de aliados cidadãos-da-lua, Konda sequestrou um kami para garantir seu poder e imortalidade. Isso ofendeu profundamente o grande O-Kagachi, o kami de todas as coisas, acendendo a ira que tomaria incontáveis vidas.
Somente a filha de Konda, Michiko, e um kami roubado, que se chama Kyodai, têm esperanças de aplacar os kami e restaurar a paz frágil da terra.