Pendant des centaines d'années, les habitants de Kamigawa avaient vénéré paisiblement les esprits de leur monde. Mais soudainement, leurs dieux attaquèrent, plongeant le monde dans une guerre brutale.
Évoquant l'ère sengoku du Japon, ce plan contient deux mondes symbiotiques : l'utsushiyo, ou royaume matériel, et le kakuriyo, ou royaume des esprits kami. Chaque kami était une divinité, et le meilleur moyen d'accéder au bonheur était d'honorer ces dieux et de vivre selon leurs principes. Les habitants de Kamigawa étaient satisfaits de cette vie de dévotion. Mais un jour, l'impensable se produisit. Leurs dieux les attaquèrent.
Au début, les kami prirent lentement forme dans le monde matériel. Certains érudits pensèrent qu'ils venaient délivrer un message ou un avertissement. Mais leur apparence était si singulière et irréelle qu'aucun véritable sens à leur apparition ne pouvait être discerné.
Pendant ce temps, le plus puissant seigneur de guerre du plan, le daimyo Takeshi Konda, régnait sur les plaines de Towabara depuis sa forteresse d'Eiganjo. Alors même que les armées et les samouraïs de Konda sécurisaient plus de territoires en son nom, les kami étaient toujours plus nombreux à se manifester.
Puis vint la nuit qui changea Kamigawa à jamais. Les kami attaquèrent la ville de Reito, non loin du Château d'Eiganjo. Des dizaines de monstruosités du monde des esprits balayèrent la ville, tuant presque tout ce qui y vivait. Des centaines furent tuées et très peu survécurent. La Guerre des kami venait de débuter. Au cours des vingt années suivantes, des esprits de toute forme et de toute taille descendirent sur les plaines, ravageant tout sur leur passage.
Pendant toute la durée de ce siège, Konda resta dans sa forteresse, mystérieusement protégé.
Combattant pour leur survie, les habitants de Kamigawa se demandaient pourquoi les kami les avaient trahis. Qu'avaient-ils fait de mal ?
Mais en réalité, c'était le fier daimyo Konda qui avait débuté la guerre. Avec l'aide de ses alliés lunaréens, il avait enlevé un kami afin de s'assurer puissance et immortalité. Cet acte avait enragé le grand O-Kagachi, kami de toutes choses, une colère qui allait faire d'innombrables victimes.
Seules Michiko, la fille de Konda, et une entité kami se faisant appeler Kyodai ont une chance d'apaiser le kami et de restaurer une paix fragile sur les terres.